La Ley de la Ciencia, la Tecnología y la Innovación entró en vigor el 3 de diciembre de 2011. Sustituye a la Ley de la Ciencia de 1986 y adapta la legislación al gran progreso experimentado por el sistema científico español en los últimos años, al mismo tiempo que facilita el cambio de modelo productivo.

Tal y como se define en la Ley de la Ciencia, la Estrategia Española de Ciencia y Tecnología y de Innovación (EECTI) es el instrumento marco que establece los objetivos generales a alcanzar en el fomento y desarrollo de las actividades de I+D+I en España. La EECTI, junto con los Planes Estatales que la desarrollan, se configura como la Estrategia de Especialización Inteligente Estatal S3 (Smart Specialisation Strategy), la cual da cumplimiento, a nivel estatal, a la condición ex-ante del FEDER 2014-2020 y a la condición favorecedora del FEDER 2021-2027. Además de esta estrategia, existen otras estrategias sectoriales a nivel estatal que incorporan aspectos relacionados con la investigación y la innovación. 

Los fondos vinculados al FEDER se canalizan mediante programas plurirregionales que se traducen, a su vez, en planes y esquemas de apoyo que determinados organismos competentes gestionan, denominados organismos intermedios. Todos los programas tienen como documento de referencia el Acuerdo de Asociación de España, que es el documento de carácter estratégico que recoge las grandes líneas de actuación y prioridades de inversión para cada período de diferentes fondos europeos, entre ellos el FEDER.